BacMap - BacMap
 | Эта статья слишком полагается на Рекомендации к основные источники. (Октябрь 2017 г.) (Узнайте, как и когда удалить этот шаблон сообщения) |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных аннотированных бактериальных геномов и их хромосомных / геномных карт |
| Типы данных захвачен | Данные последовательности генов, данные последовательности белков, общая аннотация генов и белков, положения генов, общая статистика генома / протеома, таксономическая и фенотипическая информация, карты бактериальных хромосом (изображения) |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты |
| Лаборатория | Д-р Дэвид Вишарт |
| Основное цитирование | [1][2] |
| Доступ | |
| Интернет сайт | http://wishart.biology.ualberta.ca/BacMap/ (версия 1.0); http://bacmap.wishartlab.com/ (версия 2.0) |
| Разное | |
| Выпуск данных частота | Обновляется каждые 2-3 месяца |
| Политика курирования | Курируется вручную |
BacMap это свободно доступная веб-база данных, содержащая полностью аннотированные, полностью масштабируемые и доступные для поиска хромосома карты из более чем 2500 прокариотический (архебактериальные и эубактериальные) виды.[1] BacMap был первоначально разработан в 2005 году для решения проблем просмотра и навигации по растущему числу бактериальные геномы которые были получены в результате широкомасштабных усилий по секвенированию. С тех пор, как он был впервые представлен, количество бактериальные геномы в BacMap вырос более чем в 15 раз. По сути, BacMap работает как визуальный онлайн-атлас микробных геномы. Все геном аннотации в BacMap были созданы через BASys геном система аннотаций.[3] BASys - это широко используемая инфраструктура микробных аннотаций, которая выполняет комплексный бионформатический анализ необработанных (или помеченных) бактериальный геном данные последовательности. Все карты генома (хромосом) в BacMap были построены с использованием программы, известной как CGView.[4] CGView это популярная программа визуализации для создания интерактивных веб-совместимых круговая хромосома карты (рис. 1). Каждый карта хромосом в BacMap имеется множество гиперссылок, и каждое изображение хромосомы можно интерактивно перемещать, расширять и вращать с помощью кнопок навигации или гиперссылок. Все идентифицированные гены в BacMap карта хромосом окрашены в соответствии с направлениями кодирования, и при достаточном увеличении видны метки генов. Каждая метка гена на карте генома BacMap также имеет гиперссылку на «генную карту» (рис. 2). Генные карты содержат подробную информацию о соответствующих последовательностях ДНК и белков. Каждая карта генома в BacMap доступна для поиска через ВЗРЫВ и поиск имени / синонима гена.
Из-за растущего интереса к метагеномике и крупномасштабным бактериальный геном анализа, BacMap был тщательно обновлен в 2012 году.[2] С последним обновлением все BacMap бактериальный геном карты теперь имеют отдельные профаг карты генома, а также отдельные карты тРНК и рРНК. Каждый бактериальный хромосома запись в BacMap теперь содержит графики и таблицы по разнообразной статистике генов и белков. Все виды бактерий, перечисленные в BacMap, теперь имеют карты «биографии» бактерий с соответствующей информацией о таксономии микробов, фенотипические признаки, другие описания и электронная микроскопия или другие изображения с высоким разрешением микроб сам. BacMap также имеет ряд обновленных инструментов просмотра данных и поиска текста, которые позволяют фильтровать, сортировать и более легко отображать хромосома карты и их содержимое.
Объем и доступ
Все данные в BacMap не являются собственностью или получены из сторонних источников. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на исходный источник. Данные BacMap доступны через общедоступный веб-интерфейс и загружаются.
Смотрите также
Рекомендации
- ^ а б Стотхард П., Ван Домселаар Г., Шривастава С., Го А., О'Нил Б., Круз Дж., Эллисон М., Вишарт Д.С. (2005). «BacMap: интерактивный графический атлас аннотированных геномов бактерий». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (Выпуск базы данных): D317–20. Дои:10.1093 / nar / gki075. ЧВК 540029. PMID 15608206.
- ^ а б Круз Дж., Лю И, Лян И, Чжоу Й, Уилсон М., Деннис Дж. Дж., Стотхард П., Ван Домселаар Дж., Вишарт Д. С. (2012). «BacMap: современный электронный атлас аннотированных геномов бактерий». Нуклеиновые кислоты Res. 40 (Выпуск базы данных): D599–604. Дои:10.1093 / nar / gkr1105. ЧВК 3245156. PMID 22135301.
- ^ Van Domselaar, GH; Stothard P; Шривастава S; Cruz JA; Guo A; Dong X; Лу П; Szafron D; Greiner R; Wishart DS. (2005). «BASys: веб-сервер для автоматической аннотации бактериального генома». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (Выпуск веб-сервера): W455–9. Дои:10.1093 / нар / gki593. ЧВК 1160269. PMID 15980511.
- ^ Stothard, P; Wishart DS. (2005). «Визуализация и исследование кругового генома с помощью CGView». Биоинформатика. 21 (4): 537–9. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti054. PMID 15479716.