CCDC11 - CCDC11 - Wikipedia

Спиральный домен, содержащий 11, также известный как CCDC11 это белок что закодировано CCDC11 ген расположен на хромосоме 18 у человека.[1]

Обзор

Ген CCDC11 расположен на хромосоме 18q21.1 и состоит из 39303 п.н.[2] Белок CCDC11 состоит из 514 аминокислот и имеет массу 61835 Да.[2] Его псевдонимы включают домен спиральной спирали, содержащий белок 11, FLJ32743, OTTHUMP00000163503.[2]

Гомология

У CCDC есть ортологи вплоть до бета-протеобактерий, которые являются классом протеобактерий.[2] В следующей таблице представлена ​​небольшая подборка ортологов, найденных при поиске в BLAST и BLAT. Это далеко не полный список; тем не менее, он показывает разнообразие видов, обнаруженных CCDC11.

РазновидностьОбщее название организмаПрисоединение к NCBIДлина (AA)Идентичность последовательностиСходство последовательности
Homo sapiensЧеловекNP_659457514100%100%
Пан троглодитыШимпанзеXP_523923.351499%99%
Каллитрикс ЯхусМартышкаXP_002757278.151492%95%
Ailuropoda melanoleucaПандаXP_002939158.151483%91%
Собаки фамильярныеСобакаXP_547689.351482%91%
Bos taurusКороваXP_002697813.151481%91%
Loxodonata africanaСлонXP_003406348.151480%91%
Раттус норвегикусКрысаXP_001053914.251471%87%
Mus musculusМышьNP_083224.251470%87%
Орниторинхус анатинусУтконосXP_001509001.246549%72%
Monodelphis domesticaОпоссумXP_001372850.250747%70%
Xenopus tropicalisЛягушкаNP_001120281.151639%65%
Анолис каролинскийЯщерицаXP_003227331.151437%62%
Nematostella vectensisАктинииXP_001628275.144036%58%
Branchiostoma floridaeЛанцетникXP_002609924.152835%61%
Trichoplax adhaerensTrichoplaxXP_002111027.151433%60%
Данио РериоРыба-зебраNP_001038595.251932%58%
Амфимедон королевскийГубкаXP_003389146.151331%60%

Джин соседство

На приведенном ниже изображении из NCBI показано соседство гена CCDC11 на хромосоме 18. CCDC11 имеет белок 1 связывающего домена метил-CPG, MBD1, вверху и миозин VB3, MYO5B, внизу. Все CCDC11, MBD1 и MYO5B ориентированы отрицательно. Обратите внимание на близость между MBD1 и CCDC11.

Генный район CCDC11.jpg

Прогнозируемая посттрансляционная модификация

Инструменты на сайте ExPASy Proteomics[3] прогнозировать следующие посттрансляционные модификации:

ИнструментПрогнозируемое изменениеHomo sapiensMus musculusBos taurus
ИноЯН[4]O-β-GlcNAcT239, S510T239T239, S509, T510
NetPhos[5]фосфорилированиеT8, T17, S43, S53, S56, S57, Y112, T134, S170, S240, S425, S461T17, S43, S53, S56, S107, Y112, S114, S170, T284, S287, S492T17, S56, T64, S107, T112, T122, T325, S442, S482, S507

Один инструмент на ExPASy, iPSORT, не показал сигнального пептида, однако показал, что CCDC11 является митохондриальным. Другой инструмент ExPASy, SOSUI, показал, что белок является растворимым белком.

Рекомендации

  1. ^ "спиральный домен, содержащий 11". Получено 25 февраля 2012.
  2. ^ а б c d «Генные карты». Получено 25 февраля 2012.
  3. ^ «Инструменты протеомики ExPASy». Получено 15 апреля 2012.
  4. ^ "ИНОЯН". Получено 15 апреля 2012.
  5. ^ «НетФос». Получено 15 апреля 2012.