Хосе В. Лопес - Jose V. Lopez

Хосе В. Лопес
Джо Голуэй.png
НаградыПрофессор года колледжа Халмос
Академическое образование
Альма-матерТехнологический институт Джорджии
Университет штата Флорида
Университет Джорджа Мейсона
Тезис (1995)
ДокторантСтивен Дж. О'Брайен
ВлиянияЧарльз Дарвин, Алан Уоттс, Генри Дэвид Торо /Walden, Линн Маргулис, Бенджамин Франклин
Академическая работа
УчрежденияСмитсоновский институт
Гавань Филиала океанографического института
Основные интересыэволюция, геномика, симбиоз, систематика микробиологии,
Известные работыЯдерная митохондриальная транспозиция, последовательность митохондриального генома кошки, молекулярная генетика Орбичелла виды-братья, генетика морских губок, GIGA, микробиомы
Известные идеитранспозиция митохондриальной ДНК

Хосе В. Лопес - американо-филиппинский молекулярный биолог. Он был преподавателем и профессором биологии в Нова Юго-Восточный университет (НГУ).[1] в Дания Бич Флорида с 2007 года.

Его докторская диссертация включала характеристику транспозиций митохондриальной ДНК в ядра кошек и определение NUMT (ядерные митохондриальные ДНК) как общее явление эволюционной геномики.[2] Последующая работа включала применение молекулярной генетики к исследованиям симбиоза и морской биологии (например, кораллов и губок). Лопес также известен как соучредитель сообщества ученых Глобального альянса по геномике беспозвоночных (GIGA).[3] участие в проектах «Древо жизни Porifera» и «Земной микробиом» и повышение осведомленности о микробиологических концепциях симбиоза для потенциального моделирования, моделирования и колонизации внеземного мезокосма.[4]

Карьера

Лопес получил степень бакалавра в Технологическом институте Джорджии. Затем он получил степень магистра наук в области молекулярной биологии в Университете штата Флорида (ниже Дж. Герберт Тейлор; бывший и умерший Национальная академия наук Член) и его докторская степень в области экологической биологии и государственной политики в Университете Джорджа Мейсона в Фэрфаксе, штат Вирджиния, изучающих эволюцию митохондриальной ДНК и ее транспозицию в клеточные ядра ("NUMT ") в ядерных геномах кошек в Лаборатории геномного разнообразия Национального института рака под руководством Стивена Дж. О’Брайена (нынешний член Национальной академии наук) в Фредерике, Мэриленд. Затем доктор Лопес применил свое обучение молекулярной эволюции на постдокторских назначениях с доктором Нэнси Ноултон (действующий член Национальной академии наук), характеризующий Орбичелла (ранее Montastraea) кольцевидная мышца комплекс видов-братьев и сестер в Смитсоновский институт тропических исследований в Панаме, и генетика морских губок с доктором Ширли Помпони в Гавань Филиала океанографического института в Форт-Пирс, Флорида. Последнее позволило ему использовать подводную технологию Johnson Sea-Link для исследования глубоководных губок и кораллов. Исследование Лопеса морских губок было показано в документальном фильме канала PBS Южной Флориды «Губки: они самые старые животные в море?» на ChangingSeas TV.[5] В то время как в Колледже естественных наук и океанографии им. Халмоса НГУ, его лаборатория применяла инструменты геномики для решения различных конкретных вопросов, связанных с морскими беспозвоночными и микробами. симбиоз,[6] экология микробиома,[7][8] геномика, криминалистика, метагеномика организмов, подвергшихся воздействию нефти, консервационная геномика[9] и систематика / филогенетика. Профессор Лопес является частью Консорциума Deep Pelagic Nekton Dynamics (DEEPEND) Мексиканского залива, чтобы лучше понять пищевые сети и распределение пелагических микробов в глубинах Мексиканского залива после разлива нефти Deepwater Horizon. Лопес работал помощником редактора в Журнал наследственности с 2008 года. В 2018 году награжден почетной грамотой президента НГУ. Две основные темы, которые последовательно возникают в исследованиях Лопеса, - это симбиоз и биологическое разнообразие на нескольких уровнях.

Глобальный альянс по геномике беспозвоночных (GIGA)

Профессор Лопес склонен к сотрудничеству, поэтому создание GIGA обеспечило естественный прогресс. Миссия GIGA - способствовать исследованиям и обучению студентов в области геномики морских и водных беспозвоночных животных.[10] После первых консультаций с генетиком Стивен Дж. О'Брайен, и увидев успех первого проекта по секвенированию полного генома, Genomes10K, Лопес в 2013 году перешел в компанию GIGA.[11] Это включало обращение к большому и разнообразному сообществу биологов-беспозвоночных, которые в основном поддерживали эту концепцию. Затем поддержку для финансирования первого семинара оказали Американская генетическая ассоциация. GIGA фокусируется в основном на водных животных, но имеет те же проблемы (относительно недоступные, маленькие особи, низкий уровень входной ДНК для секвенирования), что и более крупный консорциум беспозвоночных, Insect5K (i5K).[12] И GIGA, и i5K теперь помогают составить "сеть сетей" в рамках проекта Earth BioGenome Project (EBP).[13] запущен в декабре 2018 года, чтобы попытаться секвенировать полные геномы 1,5 миллионов эукариот, составляющих основную часть многоклеточного биоразнообразия на Земле. GIGA избрала новый состав должностных лиц для регистрации в качестве некоммерческой организации в 2020 году. Лопес станет первым президентом GIGA.

Губки, микробные симбионты и микробные сообщества

Изучение морских губок косвенно привело к появлению морских микробов, поскольку Лопес не имел формального образования в области микробиологии. Биология губок была увлекательной с различных научных точек зрения: микробы - самые старые живые организмы, а губки - одна из самых старых групп на эволюционном древе многоклеточных животных; губки являются хозяевами разнообразных микробных симбионтов, которые могут быть исходным источником многих природных продуктов, выделенных из этого типа. Последний аспект вызвал интерес к естественным микробным сообществам («микробиомам»), который в последующие годы распространился на несколько других экосистем и моделей хозяев.

Помимо всем известного симбиоза,[14] Лопес первоначально предположил, что микробиомы губок могут служить индикаторами для сообществ в их непосредственной морской среде, поскольку губки являются фильтраторами. Позднее эта гипотеза была подтверждена лишь частично (см. Классификацию губок с высоким и низким содержанием микробов - HMA, LMA), поскольку растущие данные указывают на то, что многие виды губок несут собственных адаптированных симбионтов. Тем не менее, Лопес применил растущие не зависящие от культуры молекулярные инструменты, которые возникли в результате революции Вёзе в бактериальной систематике на основе рРНК.[15] В конечном итоге молекулярная идентификация распространилась на местные морские экосистемы в качестве предикторов качества воды, микробиомы кожи человека как возможные инструменты судебной экспертизы, фекалии летучих мышей Myotis для проверки потенциального воздействия микробиома на долголетие и водораздел озера Окичоби во Флориде.

Жизнь

Родители Лопеса Филиппинский университет выпускники, клинический патолог Эрнесто Г. и Розарио Лопес, которые впервые встретились в Бингемтоне, штат Нью-Йорк.[16] Он женат на Эми Дойл из Plantation FL.[нужна цитата ]

использованная литература

  1. ^ «Колледж естественных наук и океанографии им. Халмоса НГУ». cnso.nova.edu. Получено 2019-03-01.
  2. ^ Lopez, J. V .; Yuhki, N .; Masuda, R .; Modi, W .; О'Брайен, С. Дж. (1994). «Numt, недавний перенос и тандемная амплификация митохондриальной ДНК в ядерный геном домашней кошки». Журнал молекулярной эволюции. 39 (2): 174–90. Дои:10.1007 / BF00163806 (неактивно 10.09.2020). PMID  7932781.CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на сентябрь 2020 г. (ссылка на сайт)
  3. ^ Сообщество ученых GIGA; Bracken-Grissom, H .; Коллинз, А.Г .; Collins, T .; Crandall, K .; Distel, D .; Dunn, C .; Giribet, G .; Haddock, S .; Knowlton, N .; Martindale, M .; Медина, М .; Мессинг, С .; О'Брайен, С. Дж .; Paulay, G .; Putnam, N .; Ravasi, T .; Rouse, G.W .; Ryan, J. F .; Schulze, A .; Wörheide, G .; Адамска, М .; Байи, X .; Breinholt, J .; Browne, W. E .; Diaz, M.C .; Evans, N .; Flot, J. F .; Fogarty, N .; и другие. (2014). «Глобальный альянс по геномике беспозвоночных (GIGA): развитие ресурсов сообщества для изучения разнообразных геномов беспозвоночных». Журнал наследственности. 105 (1): 1–18. Дои:10.1093 / jhered / est084. ЧВК  4072906. PMID  24336862.
  4. ^ Лопес, Хосе V; Peixoto, Raquel S; Росадо, Александр С (22 августа 2019 г.). «Неизбежное будущее: колонизация космоса за пределами Земли сначала с помощью микробов». FEMS Microbiology Ecology. 95 (10). Дои:10.1093 / фемсек / fiz127. ЧВК  6748721. PMID  31437273.
  5. ^ "ChangingSeas.TV Sponge документальный фильм (серия 801)". www.changingseas.tv/.
  6. ^ Томас, Торстен (2016). "Глобальный микробиом губок: выводы о симбиозе, полученные на основе базального типа многоклеточных животных". Nature Communications. 7 (11870): 11870. Дои:10.1038 / ncomms11870. ЧВК  4912640. PMID  27306690.
  7. ^ Кэмпбелл, Александра; Флейшер, Джей; Синигаллиано, Кристофер; Белый, Джеймс; Лопес, Хосе (2015). «Динамика разнообразия морского бактериального сообщества прибрежных вод рифов, заливов и выходов сточных вод Юго-Восточной Флориды». МикробиологияOpen. 4 (3): 390–408. Дои:10.1002 / mbo3.245. ЧВК  4475383. PMID  25740409.
  8. ^ О'Коннелл, Лорен; Гао, Сун; Флейшер, Джей; Лопес, Хосе (2018). «Мелкозернистый композиционный анализ микробиома на входе в порт Эверглейдс с использованием высокопроизводительного секвенирования ДНК». PeerJ. 6: e4671. Дои:10.7717 / peerj.4671. ЧВК  5947159. PMID  29761039.
  9. ^ Лопес, Хосе; Камель, Бишой; Медина, Моника; Коллинз, Тимоти; Баумс, Иллиана (2019). «Множественные аспекты геномики сохранения морских беспозвоночных. Ежегодный обзор биологических наук о животных». Ежегодный обзор биологических наук о животных. 7: 473–497. Дои:10.1146 / annurev-animal-020518-115034. PMID  30485758.
  10. ^ Сообщество ученых GIGA; Bracken-Grissom, H .; Коллинз, А.Г .; Collins, T .; Crandall, K .; Distel, D .; Dunn, C .; Giribet, G .; Haddock, S .; Knowlton, N .; Martindale, M .; Медина, М .; Мессинг, С .; О'Брайен, С. Дж .; Paulay, G .; Putnam, N .; Ravasi, T .; Rouse, G.W .; Ryan, J. F .; Schulze, A .; Wörheide, G .; Адамска, М .; Байи, X .; Breinholt, J .; Browne, W. E .; Diaz, M.C .; Evans, N .; Flot, J. F .; Fogarty, N .; и другие. (2014). «Глобальный альянс по геномике беспозвоночных (GIGA): развитие ресурсов сообщества для изучения разнообразных геномов беспозвоночных». Журнал наследственности. 105 (1): 1–18. Дои:10.1093 / jhered / est084. ЧВК  4072906. PMID  24336862.
  11. ^ Кёпфли, Клаус-Петер; Патен, Бенедикт; Сообщество ученых Genome 10K (2015). «Проект Genome 10K: путь вперед». Анну. Rev. Anim. Biosci. 3 (5): 57–111. Дои:10.1146 / annurev-animal-090414-014900. ЧВК  5837290. PMID  25689317.
  12. ^ Консорциум i5K. (2013). «Инициатива i5K: развитие геномики членистоногих на благо знаний, здоровья человека, сельского хозяйства и окружающей среды». Журнал наследственности. 104 (5): 595–600. Дои:10.1093 / jhered / est050. ЧВК  4046820. PMID  23940263. Получено 20 октября 2019.
  13. ^ Левин, Харрис; Робинсон, Джин; Кресс, Джон; Бейкер, Уильям (2018). «Проект Earth BioGenome: последовательность жизни для будущего жизни». Труды Национальной академии наук. 115 (17): 4325–4333. Дои:10.1073 / pnas.1720115115. ЧВК  5924910. PMID  29686065.
  14. ^ Уилкинсон, Клайв (1987). «Значение микробных симбионтов в эволюции и экологии губок». Симбиоз.
  15. ^ Пейс, Норм (1997). «Молекулярный взгляд на микробное разнообразие и биосферу». Наука. 276 (5313): 734–740. Дои:10.1126 / science.276.5313.734. PMID  9115194.
  16. ^ Нэнси Уилтси (24 сентября 1961 г.). «На свадьбе Кеддинг-Лопес следовали филиппинским традициям». Бюллетень Binghamton Sun-Bulletin.

внешние ссылки

  • Глобальный альянс по геномике беспозвоночных - GIGA [1]
  • DEEPEND консорциум [2]
  • Проект Porifera Tree of Life [3]
  • Другие публикации [4]
  • Неопубликованные очерки [5]