ANNOVAR - ANNOVAR

Annovar широкий обзор диагностики application.svg

ANNOVAR (АННОТАЦИЯ ВАРИАНТА) - это программный инструмент биоинформатики для интерпретации и определения приоритетов однонуклеотидных вариантов (SNV), вставки, удаления, и варианты числа копий (CNV) данного генома.[1] Он может аннотировать человеческие геномы hg18, hg19, hg38 и геномы модельных организмов, таких как: мыши (Mus musculus ), данио (Данио Рерио ), плодовая муха (Drosophila melanogaster ), аскариды (Caenorhabditis elegans ), дрожжи (Saccharomyces cerevisiae ) и многие другие.[2] Аннотации могут быть использованы для определения функциональных последствий мутаций для генов и организмов, определения цитогенетических полос, оценки функциональной важности и / или поиска вариантов в консервативных областях.[2] ANNOVAR вместе с эффектом SNP (SnpEFF ) и Предиктор эффекта варианта (VEP) - три наиболее часто используемых инструмента аннотации вариантов.

Задний план

Стоимость высокой пропускной способности Секвенирование ДНК резко сократилась с примерно 100 миллионов долларов на геном человека в 2001 году до примерно 1000 долларов на геном человека в 2017 году.[3] Благодаря такому увеличению доступности высокопроизводительное секвенирование ДНК стало более широко использоваться в исследованиях и клинических условиях.[4][5] Некоторые общие области, которые широко используют высокопроизводительное секвенирование ДНК: Секвенирование всего экзома, Секвенирование всего генома (WGS), и полногеномные исследования ассоциации (GWAS).[6][7]

Доступно все большее количество инструментов, предназначенных для комплексного управления, анализа и интерпретации огромного количества данных, полученных в результате высокопроизводительного секвенирования ДНК. Инструменты должны быть эффективными и достаточно надежными для анализа большого количества вариантов (более 3 миллионов в геноме человека), но при этом достаточно чувствительными для выявления редких и клинически значимых вариантов, которые, вероятно, являются вредными / вредными.[8] ANNOVAR был разработан доктором Каем Вангом в 2010 году в Центре прикладной геномики Пенсильванского университета.[1] Это тип инструмента аннотации вариантов, который собирает оценки прогнозирования вредоносных генетических вариантов из таких программ, как PolyPhen, ClinVar и CADD, и аннотирует SNV, вставки, делеции и CNV предоставленного генома. ANNOVAR - один из первых созданных эффективных, настраиваемых, расширяемых и кроссплатформенных инструментов аннотации вариантов.

Что касается более широкого рабочего процесса биоинформатики, ANNOVAR подходит ближе к концу, после того, как считывания секвенирования ДНК, имеющие между картированными, выровненными и вариантами, были предсказаны из файла выравнивания (BAM), также известного как вызов вариантов. Этот процесс приведет к VCF file, текстовый файл с разделителями табуляции в табличной структуре, содержащий генетические варианты в виде строк. Этот файл затем можно использовать в качестве входных данных в программу ANNOVAR для процесса аннотации вариантов, выводя интерпретации вариантов, идентифицированных из восходящего конвейера биоинформатики.

Типы функциональной аннотации генетических вариантов

Аннотации на основе генов

Этот подход определяет, вызывают ли входные варианты изменения кодирования белков и аминокислот, на которые влияют мутации.[9] Входной файл может состоять из экзонов, интронов, межгенных областей, акцепторных / донорных сайтов сплайсинга и 5 '/ 3' нетранслируемых областей. Основное внимание уделяется изучению взаимосвязи между несинонимичными мутациями (SNP, indels или CNV) и их функциональным влиянием на известные гены.[10] В частности, аннотация на основе генов будет выделять точное изменение аминокислоты, если мутация находится в экзонной области, и прогнозируемое влияние на функцию известного гена. Этот подход полезен для идентификации вариантов в известных генах по данным секвенирования всего экзома.

Аннотации по регионам

Этот подход позволяет идентифицировать вредные варианты в определенных областях генома на основе геномных элементов вокруг гена.[11] При составлении аннотации на основе региона будут учитываться следующие категории:

1) Находится ли вариант в известной консервативной области генома?

Мутации происходят во время митоз и мейоз. Если нет селективного давления для конкретных нуклеотидных последовательностей, то все области генома будут мутированы с одинаковой скоростью. Высококонсервативные области генома указывают на геномные последовательности, которые необходимы для выживания организма и / или репродуктивного успеха. Таким образом, если вариант разрушает высококонсервативную область, вариант, вероятно, очень вреден.[12]

2) Находится ли вариант в прогнозируемом фактор транскрипции сайт привязки?

ДНК транскрибируется в информационная РНК (мРНК) от РНК-полимераза II. Этот процесс можно модулировать факторы транскрипции которые могут усиливать или ингибировать связывание RNApol II. Если вариант нарушает сайт связывания фактора транскрипции, то транскрипция гена может быть изменена, вызывая изменения в уровне экспрессии гена и / или количестве продукции белка. Эти изменения могут вызвать фенотипические вариации.

3) Находится ли вариант в прогнозируемом miRNA целевой сайт?

МикроРНК (миРНК) - это тип РНК, которая комплементарно связывается с целевой последовательностью мРНК, подавляя или подавляя трансляцию мРНК. Если вариант нарушает местоположение мишени miRNA, miRNA могла изменить аффинность связывания с транскриптом соответствующего гена, таким образом изменяя уровень экспрессии мРНК транскрипта. Это может еще больше повлиять на уровни продукции белка, что может вызвать фенотипические вариации.

4) Предполагается ли, что вариант нарушит стабильную вторичную структуру РНК?

РНК может функционировать на уровне РНК как некодирующая РНК или транслироваться в белки для последующих процессов. Вторичные структуры РНК чрезвычайно важны для определения правильного периода полужизни и функции этих РНК. Два вида РНК с жестко регулируемыми вторичными структурами: рибосомная РНК (рРНК) и Переносная РНК (тРНК) которые необходимы для трансляции мРНК в белок. Если вариант нарушает стабильность вторичной структуры РНК, период полужизни РНК может быть сокращен, что снижает концентрацию РНК в клетке.

Некодирующие области составляют 99% генома человека.[13] и аннотация на основе региона чрезвычайно полезна для определения вариантов в этих регионах. Этот подход можно использовать для данных WGS.

Аннотации на основе фильтров

Этот подход определяет варианты, которые задокументированы в конкретных базах данных.[14] Варианты можно получить из dbSNP, Проект 1000 геномов, или список, предоставленный пользователем. Дополнительная информация может быть получена из частоты вариантов из вышеуказанных баз данных или предсказанных вредоносных оценок, созданных PolyPhen, CADD, ClinVar или многими другими.[1] Чем реже вариант появляется в общедоступной базе данных, тем более опасным он может быть. Исследователь может объединить результаты различных инструментов прогнозирования вредоносных оценок, чтобы сделать более точный анализ варианта.

Взятые вместе, эти подходы дополняют друг друга, чтобы отфильтровать более 4 миллионов вариантов в геноме человека. Общие варианты с низкой степенью вредоносности исключаются, чтобы выявить редкие варианты с высокой степенью вредоносности, которые могут быть причиной врожденных заболеваний.

Техническая информация

ANNOVAR - это инструмент командной строки, написанный на Perl язык программирования и может работать на любом Операционная система с установленным интерпретатором Perl.[1] Если используется в некоммерческих целях, он доступен бесплатно как Открытый исходный код пакет, который можно загрузить через веб-сайт ANNOVAR. ANNOVAR может обработать большинство секвенирование следующего поколения данные, которые были обработаны вариант вызова программного обеспечения.

Обзор основных скриптов в программе
СценарийЦельОписаниеВводВыводТребования
annotate_variation.plаннотатор вариантовОсновной сценарий, который функционально аннотирует генетические варианты с помощью (1) аннотаций на основе генов, (2) на основе регионов и / или (3) аннотаций на основе фильтров..avinput.avinputИсточники данных загружаются для аннотации, например hg38, UCSC, Проект 1000 геномов.
convert2annovar.plконвертер файловПреобразует различные форматы файлов в пользовательский формат входного файла ANNOVAR.См. Раздел «Преобразование в формат входного файла ANNOVAR»..avinput
table_annovar.plавтоматический аннотатор вариантовОбертка вокруг annotate_variation.pl который может принимать формат VCF вместе с форматом ANNOVAR, выполняет аннотацию и выводит файл, совместимый с Excel. Идеально для новичков..avinput, CSV, TSV, VCFCSV, TSV, VCF, TXTИсточники данных загружаются для аннотации, например hg38, UCSC, Проект 1000 геномов.
варианты_reduction.plвариант редукторВыполняет пошаговое сокращение большого набора вариантов ввода, чтобы сузить до подмножества функционально важных вариантов. Процедуры фильтрации включают в себя: Применяет пошаговую процедуру фильтрации для выявления подмножеств вариантов, которые могут быть связаны с заболеванием.[2] К таким процедурам фильтрации относятся:[2]
  • выявление несинонимичных вариантов и вариантов сращивания
  • удаление вариантов в областях сегментарной дупликации
  • идентификация консервативных участков генома
  • удаление вариантов из 1000 Genomes Project, ESP6500 и dbSNP
.avinput.avinputЗагружаются источники данных аннотаций на основе генов и различные источники данных аннотаций на основе фильтров.

Форматы файлов

Программное обеспечение ANNOVAR принимает текстовые входные файлы, включая VCF (вариантный формат вызова), золотой стандарт для описания генетических локусов.

Основной сценарий аннотации программы, annotate_variation.pl требуется пользовательский формат входного файла, входной формат ANNOVAR (.avinput). Общие типы файлов могут быть преобразованы в формат ввода ANNOVAR для аннотации с помощью предоставленного сценария (см. Ниже). Это простой текстовый файл, в котором каждая строка в файле соответствует варианту, а внутри каждой строки разделены табуляцией столбцы, представляющие основные поля геномных координат (хромосома, начальная позиция, конечная позиция, контрольные нуклеотиды и наблюдаемые нуклеотиды), за которыми следуют необязательные столбцы[2]

Входные данные файла ANNOVAR содержат следующие основные поля:

  • Chr
  • Начните
  • Конец
  • Ссылка
  • Alt

Для базового использования "из коробки":

Популярной функцией инструмента ANNOVAR является использование table_annovar.pl сценарий, который упрощает рабочий процесс до одного вызова командной строки, учитывая, что источники данных для аннотации уже загружены. Конвертация файлов из VCF файл обрабатывается в вызове функции, после чего следует аннотация и вывод в файл, совместимый с Excel. Сценарий принимает ряд параметров для аннотации и выводит файл VCF с аннотациями в виде пары ключ-значение внутри ИНФОРМАЦИЯ столбец файла VCF для каждого генетического варианта, например «геномная_функция = экзоническая».

Преобразование в формат входного файла ANNOVAR

Преобразование файла во входной формат ANNOVAR возможно с помощью предоставленного скрипта преобразования формата файла. convert2annovar.pl. Программа принимает распространенные форматы файлов, выводимые восходящим потоком. вариант вызова инструменты. Последующие скрипты функциональных аннотаций annotate_variation.pl используйте входной файл ANNOVAR. Форматы файлов, которые принимаются convert2annovar.pl включая следующее:[2]

Создание входных файлов на основе конкретных вариантов, транскриптов или геномных регионов:

При исследовании кандидатных локусов, связанных с заболеваниями, использование вышеуказанных форматов вызывающих файлов вариантов в качестве входных данных для ANNOVAR является стандартным рабочим процессом для функциональной аннотации генетических вариантов, выводимых из восходящего конвейера биоинформатики. ANNOVAR также можно использовать в других сценариях, таких как опрос набора представляющих интерес генетических вариантов на основе списка dbSNP идентификаторы, а также варианты в определенных геномных или экзомных областях.[2]

В случае идентификаторов dbSNP предоставление convert2annovar.pl скрипт список идентификаторов (например, rs41534544, rs4308095, rs12345678) в текстовом файле вместе с эталонный геном представляющий интерес в качестве параметра, ANNOVAR выведет входной файл ANNOVAR с полями геномных координат для тех вариантов, которые затем можно использовать для функциональной аннотации.[2]

В случае геномных областей можно указать интересующий геномный диапазон (например, chr1: 2000001-2000003) вместе с интересующим эталонным геномом, и ANNOVAR сгенерирует входной файл ANNOVAR для всех генетических локусов, охватывающих этот диапазон. Кроме того, можно также указать размер вставки и удаления, в которых сценарий будет выбирать все генетические локусы, в которых обнаруживается вставка или удаление определенного размера.[2]

Наконец, если рассматривать варианты в определенных экзонных областях, пользователи могут генерировать входные файлы ANNOVAR для всех возможных вариантов в экзонах (включая варианты сплайсинга), когдаconvert2annovar.pl скрипт предоставляется РНК стенограмма идентификатор (например, NM_022162) на основе стандартной номенклатуры HGVS (Human Genome Variation Society).[2]

Выходной файл

Возможные выходные файлы - это аннотированный файл .avinput, CSV, TSV, или VCF. В зависимости от выбранной стратегии аннотации (см. Рисунок ниже) входные и выходные файлы будут отличаться. Можно настроить типы выходных файлов для конкретного входного файла, указав программе соответствующий параметр.

Например, для table_annovar.pl программа, если входной файл - VCF, то выход также будет файлом VCF. Если входной файл имеет тип входного формата ANNOVAR, то по умолчанию будет выводиться TSV с возможностью вывода в CSV, если -csvout параметр указан. Выбрав CSV или TSV в качестве типа выходного файла, пользователь мог открывать файлы для просмотра аннотаций в Excel или другое приложение для работы с электронными таблицами. Это популярная функция среди пользователей.

Выходной файл будет содержать все данные из исходного входного файла с дополнительными столбцами для желаемых аннотаций. Например, при аннотировании вариантов такими характеристиками, как (1) геномная функция и (2) функциональная роль варианта кодирования, выходной файл будет содержать все столбцы из входного файла, за которыми следуют дополнительные столбцы «genomic_function» (например, со значениями «экзонный» или «интронный») и «coding_variant_function» (например, со значениями «синонимичный SNV» или «несинонимичный SNV»).

Основные рабочие процессы программы ANNOVAR

Эффективность системы

При тестировании на современном настольном компьютере (процессор Intel Xeon 3 ГГц, 8 ГБ памяти) для 4,7 миллиона вариантов ANNOVAR требуется ~ 4 минуты для выполнения функциональной аннотации на основе генов или ~ 15 минут для выполнения пошагового «сокращения вариантов». Считается, что это практично для выполнения аннотации вариантов и определения приоритетов вариантов на сотнях геномов человека в день.[2]

ANNOVAR можно ускорить с помощью -нить аргумент, который позволяет многопоточность чтобы входные файлы могли обрабатываться параллельно.

Ресурсы данных

Чтобы использовать ANNOVAR для функциональной аннотации вариантов, наборы данных аннотаций можно загрузить с помощью annotate_variation.pl скрипт, который сохраняет их на локальный диск.[1] Различные источники аннотационных данных используются для трех основных типов аннотаций (на основе генов, на основе регионов и на основе фильтров).

Вот некоторые из источников данных для каждого типа аннотации:

Аннотации на основе генов

[9]

Аннотации по регионам

  • КОДИРОВАТЬ
  • Специальные базы данных, соответствующие GFF3 (Generic Feature Format версии 3)

[11]

Аннотации на основе фильтров

Проект 1000 геномовLRTClinVar
dbSNPМутацияTasterCADD
avSNPGERP ++ДАНН
dbNSFPExACКОСМИЧЕСКИЙ
ПРОСЕЯТЬESP (проект секвенирования экзома)МКГК
Полифен 2частота аллеля gnomADNCI60
ФилопЧастота аллелей Complete Genomics

Учитывая большое количество источников данных для аннотаций на основе фильтров, вот примеры того, какие подмножества наборов данных следует использовать для некоторых из наиболее распространенных вариантов использования.[14]

  1. Для частоты вариантов в цельный экзом данные:[14]
    1. ExAC: с частотами аллелей для всех этнических групп
    2. NHLBI-ESP: из 6500 экзомов использовать три группы населения
    3. Частота аллелей gnomAD: с частотами аллелей для нескольких популяций
  2. Для вариантов, специфичных для заболевания:[14]
    1. ClinVar: с отдельными столбцами для каждого поля ClinVar для каждого варианта
    2. КОСМИЧЕСКИЙ: соматические мутации, вызванные раком, и частота встречаемости в каждом подтипе рака.
    3. ICGC: мутации от Международного консорциума генома рака
    4. NCI-60: данные о частоте аллелей секвенирования экзома панели опухолевых клеток человека

[14]

Пример приложения

Общий обзор применения ANNOVAR для выявления мутаций при редких заболеваниях

Использование ANNOVAR для приоритезации генетических вариантов для выявления мутаций при редком генетическом заболевании

ANNOVAR - один из распространенных инструментов аннотации для выявления мутаций-кандидатов и причинных мутаций и генов редких генетических заболеваний.

Используя комбинацию аннотаций на основе генов и фильтров с последующим сокращением вариантов на основе значений аннотаций вариантов, можно определить причинный ген в редкой рецессивной менделевской болезни, называемой синдромом Миллера.[1]

Это будет включать синтез общегеномного набора данных из ~ 4,2 миллиона однонуклеотидных вариантов (SNV).) и ~ 0,5 миллиона вставок и удалений (инделы ).[1]. Две известные причинные мутации для Синдром Миллера (G152R и G202A в ДХОД ген) также включены[1]

Этапы определения причинных вариантов заболевания с помощью ANNOVAR:[1]

  1. Аннотации на основе генов для идентификации экзонных вариантов / вариантов сплайсинга комбинации SNV и инделы (~ 4,7 млн ​​вариантов), в которых идентифицировано 24 617 экзонных вариантов.[1]
  2. Поскольку синдром Миллера - редкое менделевское заболевание, интерес представляют только варианты, изменяющие экзонный белок, что составляет 11 166.[1] Из этого идентифицировано 4860 вариантов, которые попадают в высококонсервативные области генома.[1]
  3. В качестве общедоступных баз данных, таких как dbSNP и Проект 1000 геномов заархивируйте ранее сообщенные варианты, которые часто встречаются, менее вероятно, что они будут содержать редкие причинные варианты синдрома Миллера.[1] Следовательно, варианты, найденные в этих источниках данных, отфильтровываются, и остается 413 вариантов.
  4. Затем гены оцениваются на предмет наличия нескольких вариантов в том же гене, что и сложные гетерозиготы и осталось 23 гена.[1]
  5. Наконец, «необязательные» гены удаляются, те из них, которые имеют высокую частоту бессмысленные мутации (более чем у 1% испытуемых в Проект 1000 геномов ), которые восприимчивы к последовательность действий и ошибки выравнивания в платформе секвенирования с коротким считыванием.[1] Считается, что эти гены с меньшей вероятностью могут быть причиной редких Менделирующая болезнь. В результате три гена отфильтровываются, а 20 генов-кандидатов остаются, включая причинный ген. ДХОД[1]

Ограничения ANNOVAR

Два ограничения ANNOVAR связаны с обнаружением общих заболеваний и более крупными аннотациями структурных вариантов. Эти проблемы присутствуют во всех текущих инструментах аннотации вариантов.

Наиболее распространенные заболевания, такие как диабет и болезнь Альцгеймера, имеют несколько вариантов по всему геному, которые распространены среди населения.[15][16] Ожидается, что эти варианты будут иметь низкие индивидуальные показатели вредоносности и вызывать заболевание через накопление множества вариантов. Однако в ANNOVAR по умолчанию используются схемы «редукции вариантов», которые предоставляют небольшой список редких и высокопрогнозируемых вредоносных вариантов.[17] Эти настройки по умолчанию можно оптимизировать, чтобы в выходных данных отображались дополнительные варианты с уменьшением прогнозируемых вредоносных оценок.[2] ANNOVAR в основном используется для идентификации вариантов, связанных с редкими заболеваниями, при которых причинная мутация, как ожидается, будет редкой и очень опасной.

Больше структурные варианты (SV) такие как хромосомные инверсии, транслокации и сложные SV, как было показано, вызывают такие заболевания, как гемофилия A и болезнь Альцгеймера.[18][19] Однако SV часто бывает трудно аннотировать, потому что трудно присвоить специфические вредоносные баллы большим мутированным участкам генома. В настоящее время ANNOVAR может аннотировать только гены, содержащиеся в делециях или дупликациях, или небольших отступах размером <50 п.н. ANNOVAR не может сделать вывод о сложных ВС и транслокациях.[17]

Альтернативные инструменты аннотации вариантов

Есть также два других типа инструментов аннотации SNP, которые похожи на ANNOVAR: эффект SNP (SnpEFF ) и Предиктор эффекта варианта (VEP). Многие из функций ANNOVAR, SnpEFF и VEP одинаковы, включая формат входного и выходного файла, аннотации нормативных областей и аннотации известных вариантов. Однако основные отличия заключаются в том, что ANNOVAR не может аннотировать предсказания потери функций, тогда как SnpEFF и VEP могут. Кроме того, ANNOVAR не может комментировать микроРНК места структурного связывания, тогда как VEP может.[20] Прогнозы местоположения структурного связывания микроРНК могут быть информативными для выявления посттранскрипционный роль мутаций в патогенезе заболеваний.[21] Потеря функции мутации - это изменения в геноме, которые приводят к полной дисфункции продукта гена. Таким образом, эти прогнозы могут быть чрезвычайно информативными в отношении диагностики заболеваний, особенно при редких моногенных заболеваниях.[нужна цитата ]

Сравнение трех вариантов аннотаций
КлассОсобенностьVEPАнноварSnpEff
ОбщееДоступностьСвободныйБесплатно (только для академических целей)Свободный
ВводVCFдадада
Варианты последовательностидадада
Варианты конструкциидадада
ВыводVCFдадада
Наборы стенограммАнсамбльдадада
RefSeqдадада
Создаваемые пользователями базы данныхдадада
ИнтерфейсыМестный пакетдадада
Веб-интерфейс мгновенного предсказаниядаНетНет
Типы последствийПрогнозы склейкиДа (через плагины)Да (через внешние данные)Да (экспериментально)
Прогноз потери функцииДа (через плагины)Нетда
НекодированиеНормативные особенностидадада
Поддержка нескольких клеточных линийдаНетда
расположение структуры miRNAДа (через плагины)НетНет
Известные вариантыСообщить об известных вариантахдадада
Фильтр по частотедадада
Клиническое значениедадада
Другие фильтрыПредустановленные фильтрыдадада

* Таблица адаптирована из McLaren et al. (2016).

использованная литература

  1. ^ а б c d е ж г час я j k л м п о п Хаконарсон, Хакон; Ли, Минъяо; Ван, Кай (01.09.2010). «ANNOVAR: функциональная аннотация генетических вариантов на основе данных высокопроизводительного секвенирования». Исследования нуклеиновых кислот. 38 (16): e164. Дои:10.1093 / nar / gkq603. ISSN  0305-1048. ЧВК  2938201. PMID  20601685.
  2. ^ а б c d е ж г час я j k л «Сайт ANNOVAR». www.openbioinformatics.org. Получено 2019-02-28.
  3. ^ «Затраты на секвенирование ДНК: данные». Национальный институт исследования генома человека (NHGRI). Получено 2019-04-04.
  4. ^ Эмерсон, Райан О .; Шервуд, Анна М .; Ридер, Марк Дж .; Guenthoer, Джейми; Уильямсон, Дэвид В .; Карлсон, Кристофер С .; Дрешер, Чарльз У .; Тевари, Муниш; Биелас, Джейсон Х. (декабрь 2013 г.). «Высокопроизводительное секвенирование Т-клеточных рецепторов показывает гомогенный репертуар инфильтрирующих опухоль лимфоцитов при раке яичников». Журнал патологии. 231 (4): 433–440. Дои:10.1002 / путь.4260. ISSN  0022-3417. ЧВК  5012191. PMID  24027095.
  5. ^ Блейни, Джейн К .; Паркс, Эйлин; Чжэн, Хуйру; Таггарт, Лаура; Браун, Фиона; Хаберланд, Валерия; Лайтбоди, Гэй (2018). «Обзор приложений высокопроизводительного секвенирования в персонализированной медицине: препятствия и факторы, способствующие будущему прогрессу в исследованиях и клиническом применении». Брифинги по биоинформатике. Дои:10.1093 / bib / bby051. PMID  30084865.
  6. ^ Справка, Дом генетики. «Что такое секвенирование всего экзома и секвенирование всего генома?». Домашний справочник по генетике. Получено 2019-04-04.
  7. ^ Справка, Дом генетики. «Что такое полногеномные ассоциации исследований?». Домашний справочник по генетике. Получено 2019-04-04.
  8. ^ Консорциум проекта «1000 геномов» (октябрь 2015 г.). «Глобальный справочник генетических вариаций человека». Природа. 526 (7571): 68–74. Bibcode:2015 Натур.526 ... 68 т. Дои:10.1038 / природа15393. ISSN  1476-4687. ЧВК  4750478. PMID  26432245.
  9. ^ а б «Аннотации на основе генов - документация ANNOVAR». annovar.openbioinformatics.org. Получено 2019-02-28.
  10. ^ Ян, Хуэй; Ван, Кай (октябрь 2015 г.). «Аннотации геномных вариантов и расстановка приоритетов с помощью ANNOVAR и wANNOVAR». Протоколы природы. 10 (10): 1556–1566. Дои:10.1038 / nprot.2015.105. ISSN  1754-2189. ЧВК  4718734. PMID  26379229.
  11. ^ а б «Региональная аннотация - Документация ANNOVAR». annovar.openbioinformatics.org. Получено 2019-02-28.
  12. ^ Иордания, И. Кинг; Рогозин, Игорь Б .; Волк, Юрий I .; Кунин, Евгений В. (июнь 2002 г.). «Основные гены более эволюционно консервативны, чем несущественные гены у бактерий». Геномные исследования. 12 (6): 962–968. Дои:10.1101 / гр.87702. ISSN  1088-9051. ЧВК  1383730. PMID  12045149.
  13. ^ Справка, Дом генетики. "Что такое некодирующая ДНК?". Домашний справочник по генетике. Получено 2019-03-01.
  14. ^ а б c d е «Аннотации на основе фильтров - Документация ANNOVAR». annovar.openbioinformatics.org. Получено 2019-02-28.
  15. ^ Ву, Иминь; Цзин, Рунью; Донг, Юнчэн; Куанг, Цифань; Ли, Ян; Хуанг, Цзыань; Ган, Вэй; Сюэ, Юэ; Ли, Ичжоу (2017-03-06). «Функциональная аннотация шестидесяти пяти SNP риска диабета 2 типа и ее применение в прогнозировании риска». Научные отчеты. 7: 43709. Bibcode:2017НатСР ... 743709W. Дои:10.1038 / srep43709. ISSN  2045-2322. ЧВК  5337961. PMID  28262806.
  16. ^ Emahazion, T .; Feuk, L .; Джобс, М .; Sawyer, S.L .; Fredman, D .; Сент-Клер, Д .; Prince, J. A .; Брукс, А. Дж. (Июль 2001 г.). «Исследования ассоциации SNP при болезни Альцгеймера выдвигают на первый план проблемы для комплексного анализа болезни». Тенденции в генетике. 17 (7): 407–413. Дои:10.1016 / S0168-9525 (01) 02342-3. ISSN  0168-9525. PMID  11418222.
  17. ^ а б Ян, Хуэй; Ван, Кай (октябрь 2015 г.). «Аннотации геномных вариантов и расстановка приоритетов с помощью ANNOVAR и wANNOVAR». Протоколы природы. 10 (10): 1556–1566. Дои:10.1038 / nprot.2015.105. ISSN  1754-2189. ЧВК  4718734. PMID  26379229.
  18. ^ Лакич, Делия; Kazazian, Haig H .; Антонаракис, Стилианос Э .; Гитшиер, Джейн (ноябрь 1993 г.). «Инверсии, разрушающие ген фактора VIII, являются частой причиной тяжелой гемофилии А». Природа Генетика. 5 (3): 236–241. Дои:10.1038 / ng1193-236. ISSN  1061-4036. PMID  8275087.
  19. ^ Лупски, Джеймс Р. (июнь 2015 г.). «Структурные вариации мутагенеза генома человека: влияние на болезнь и эволюцию». Экологический и молекулярный мутагенез. 56 (5): 419–436. Дои:10.1002 / em.21943. ISSN  0893-6692. ЧВК  4609214. PMID  25892534.
  20. ^ Макларен, Уильям; Гил, Лоран; Хант, Сара Э .; Риат, Харприт Сингх; Ричи, Грэм Р. С .; Торманн, Аня; Фличек, Пол; Каннингем, Фиона (06.06.2016). «Прогнозирующий эффект ансамбля вариантов». Геномная биология. 17 (1): 122. Дои:10.1186 / s13059-016-0974-4. ISSN  1474-760X. ЧВК  4893825. PMID  27268795.
  21. ^ Цзян Цюй, Ван И, Хао И, Цзюань Л., Дэн М., Чжан Икс, Ли М, Ван Г, Лю И (январь 2009 г.). "miR2Disease: вручную созданная база данных по дерегуляции микроРНК при заболеваниях человека". Исследования нуклеиновых кислот. 37. 37 (Выпуск базы данных): D98–104. Дои:10.1093 / nar / gkn714. ЧВК  2686559. PMID  18927107.